Perfil microbiologico y de resistencia antimicrobiana en infecciones adquiridas en la comunidad. Hospital Universitario San José de Popayán / Microbiological profile and resistance spectrum of the community acquired bacterial infection of the San Jose Universitary Hospital in Popayan

Resumen Objetivo. Describir el perfil microbiológico y de resistencia bacteriana de los aislamientos en adultos con infecciones adquiridas en comunidad en el Hospital Universitario San José de junio 2016 a diciembre 2019. Metodología. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal, análisis retrospectivo de los aislamientos microbiológicos en adultos desde junio 2016 a diciembre 2019, basado en la data institucional. Se analizó la información con STATA15,0. Se obtuvo la aprobación del comité de ética del hospital. Resultados. Se incluyeron 5121 aislamientos microbiológicos, el 61% en el servicio de urgencias. El urocultivo fue la muestra más frecuente. Escherichia coli fue el germen más común tanto a nivel general como en urocultivos, hemocultivos y cultivos de líquido peritoneal. La resistencia a ampicilina y amp/sul fue elevada, hasta del 68% para E. coli. El 20% de los Staphylococcus aureus fueron resistentes a meticilina. Se observó una resistencia inusual a carbapenémicos por parte de Pseudomonas aeruginosa. Discusión. El perfil microbiológico concuerda con la literatura mundial y nacional, sin embargo, el HUSJ tiene un comportamiento microbiológico que debe ser estudiado a profundidad. Conclusión. Los porcentajes de resistencia a antibióticos de uso frecuente son elevados. Se requiere ajustes de las guías de manejo institucionales y nacionales.

Abstract Objetive. To describe the microbiological profile and resistance spectrum of the community acquired bacterial infection of the San Jose university hospital from june 2016 to december 2019 Methodology. A retrospective transverse descriptive study of microbial organisms found in adults in the institution from June 2016 to December 2019, the study is based in the hospital data. The analysis of the information was made with SATA 15.0. Results. 5121 samples were included, 61% from the emergency department. Urine culture was the most frequent sample taken. Escherichia coli was the most frequent isolated bacterial, in all samples, urine culture, blood culture, and peritoneal culture. Ampiciline r and ampiciline/sulbactam was high up to 68% of the E. Coli cultures. 20% of Staphylococcus aureus were methicillin resistant. Unusual carbapenemic resistance was found in the Pseudomona aeruginosa isolates.. Discussion. The data of the bacterial resistance spectrum Concord which was is found in the general medical literature, nevertheless the HUSJ, has a microbial behaviour that must be studied thoroughly. Conclusion. The antibiotic bacterial resistance to common used antibiotics is high. Adjustments are required in the instucional and national management guidelines

Perfil de resistência antimicrobiana de Klebsiella pneumoniae isoladas de animais domésticos e silvestres / Antimicrobial resistance profile of Klebsiella pneumoniae isolated from domestic and wild animals

Klebsiella pneumoniae é um patógeno oportunista, responsável por diversos tipos de infecções nosocomiais, e é considerado um microrganismo multirresistente. Dados na literatura que forneçam informações a respeito da resistência desse microrganismo a antimicrobianos em amostras de animais são escassos. Dessa forma, o objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil e o seu aumento das resistências a antimicrobianos dentro da medicina veterinária. Um total de 67 isolados de K. pneumoniae, provenientes de diferentes sítios de isolamento de animais domésticos (39/67) e silvestres (28/67), foi confirmado por sequenciamento do gene 16S rRNA. O maior percentual de isolamento de K. pneumoniae foi de amostras de urina, com 16% (11/67), fezes, com 15% (10/67), e pulmão, com 13,5% (09/67). No perfil de resistência, foram testadas 11 categorias de antibióticos, sendo a maior taxa de resistência ao metronidazol 97% (65/67), à ampicilina 94% (63/67), à amoxicilina 93% (62/67), às sulfonamidas 93% (62/67), à colistina 93% (62/67) e à nitrofurantoína 88% (59/67). Aqueles que apresentaram menor taxa de resistência foram: meropenem 3% (2/67), imipenem 6% (4/67) e amicacina 16% (11/67). Todos os isolados foram considerados bactérias multirresistentes (MRD), com o índice de resistência múltipla aos antibióticos (IRMA) variando de 0,15 a 0,85 e com 60 tipos de padrões de resistência. O resultado deste estudo reforça que os animais são reservatórios de K. pneumoniae multirresistentes.(AU)

Klebsiella pneumoniae is an opportunistic pathogen responsible for several types of nosocomial infections and is considered a multiresistant microorganism. Data in the literature that provide information regarding the resistance of this microorganism to antimicrobials in animal samples are scarce. Thus, the objective of this work was to evaluate the profile and its increase of antimicrobial resistance within Veterinary Medicine. A total of 67 K. pneumoniae isolates from different domestic (39/67) and wild (28/67) isolation sites were confirmed by sequencing the 16S rRNA gene. The highest percentage of K. pneumoniae isolation was from urine samples with 16% (11/67), faeces 15% (10/67) and lung 13.5% (09/67). In the resistance profile, 11 categories of antibiotics were tested, with the highest resistance to metronidazole being 97% (65/67), ampicillin 94% (63/67), amoxicillin 93% (62/67), sulfonamides 93% (62 / 67), 93% colistin (62/67), and 88% nitrofurantoin (59/67). The ones with the lowest resistance were: meropenem 3% (2/67), imipenem 6% (4/67) and amikacin 16% (11/67). All isolates were considered multiresistant bacteria (MDR), with the Multiple Resistance to Antibiotics Index (IRMA) ranging from 0.15 to 0.85 and with 60 types of resistance patterns. The result of this study reinforces that the animals are reservoirs of multiresistant K. pneumoniae.(AU)

Ocorrência e perfil bacteriano de culturas coletadas em pacientes internados na unidade de terapia intensiva em um hospital terciário / Occurrence and bacterial profile of cultures collected from pa-tients admitted to the intensive care unit at a tertiary hospital

Introdução: O ambiente da UTI é considerado o foco das infecções relacionadas à assistência à saúde (IRAS). Isso deve-se a particularidades desse ambiente como a utilização de dispositivos invasivos, uso de imunossupressores, período de internação prolongado, colonização por micro-organismos resistentes, prescrição de antimicrobianos e a própria característica do ambiente da UTI, além da condição clínica do paciente. O conhecimento do perfil bacteriano de cada cultura norteia a equipe médica no tratamento inicial das infecções. Objetivo: O objetivo desse trabalho foi verificar a ocorrência e o perfil bacteriano presente em pacientes internados na UTI de um hospital universitário. Material e métodos: O estudo foi realizado através da análise de exames de secreções traqueais, hemoculturas e uroculturas de pacientes internados no período de janeiro a junho de 2018. Os dados foram coletados por meio de impressos laboratoriais do próprio serviço e tabulados na planilha do Excel®, sendo divididos em amostras positivas e negativas, e realizada análise descritiva com valores absolutos e percentuais. Resultados: Em geral, as bactérias de maior ocorrência foram Acinetobacter baumannii (20,3%), Pseudomonas aeruginosa (19,7%), Klebsiella pneumoniae (15,1%), Staphylococcus aureus (11,9%), Staphylococcus coagulase negativa (7,2%) e Escherichia coli (5,7%). As espécies bacterianas com maior resistência foram Acinetobacter baumanni, Klebisiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Eschericia coli, Serratia marcencens e Enterobacter cloacae. Conclusão: Os dados deste trabalho permitem o conhecimento do perfil bacteriano encontrado nos pacientes internados, o que poderá nortear o tratamento das infecções e consequentemente diminuir a seleção de bactérias multirresistentes, auxiliando na prevenção e no controle das infecções hospitalares.

Introduction: The ICU environment is considered the focus of Healthcare-related health related infections (IRAS). This is due to the particularities of this environment such as the use of invasive devices, use of immunosuppressants, prolonged hospitalization, colonization by resistant microorganisms, antimicrobial prescribing and the very characteristic of the ICU environment, in addition to the clinical condition of the patient. Knowledge of the bacterial profile of each culture guides the medical team in the initial treatment of infections. Objective: The objective of this study was to verify the incidence incidence and the bacterial profile present in ICU patients of a University Hospital. Material and methods: The study was performed through the analysis of tracheal secretions, blood cultures and urocultures examinations of patients hospitalized from January to June 2018. Data were collected by means of laboratory forms of the service and tabulated in Excel spreadsheet. ®, being divided into positive and negative samples, and a descriptive analysis was performed with absolute and percentage values. Results: In general, the most commonly occurring bacteria were Acinetobacter baumannii (20.3%), Pseudomonas aeruginosa(19.7%), Klebsiella pneumoniae (15.1%), Staphylococcus aureus (11.9%), Staphylococcus negative coagulase (7.2%) and Escherichia coli (5.7%). The most resistant bacterial species were Acinetobacter baumanni, Klebisiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Eschericia coli, Serratia marcencens andEnterobacter cloacae.Conclusion: The data from this study allow the knowledge of the bacterial profile found in hospitalized patients, which may guide the treatment of infections and consequently decrease the selection of multidrug resistant bacteria, helping in the prevention and control of nosocomial infections.

Trends in antimicrobial resistance among clinical isolates of enterococci in a Brazilian tertiary hospital: a 4-year study / Evolução da resistência aos antimicrobianos entre isolados clínicos de enterococos em um hospital terciário brasileiro: um estudo de 4 anos

INTRODUCTION: In the past two decades members of the genus Enterococcus have emerged as important nosocomial pathogens worldwide. This study prospectively analyzed the distribution of species and trends in antimicrobial resistance among clinical isolates of enterococci in a Brazilian tertiary hospital from 2006-2009. METHODS: Enterococcal species were identified by conventional biochemical tests. The antimicrobial susceptibility profile was performed by disk diffusion in accordance with the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI). A screening test for vancomycin was also performed. Minimal inhibitory concentration (MIC) for vancomycin was determined using the broth dilution method. Molecular assays were used to confirm speciation and genotype of vancomycin-resistant enterococci (VRE). RESULTS: A total of 324 non-repetitive enterococcal isolates were recovered, of which 87 percent were E. faecalis and 10.8 percent E. faecium. The incidence of E. faecium per 1,000 admissions increased significantly (p < 0.001) from 0.3 in 2006 to 2.3 in 2009. The VRE rate also increased over time from 2.5 percent to 15.5 percent (p < 0.001). All VRE expressed high-level resistance to vancomycin (MIC >256µg/ mL) and harbored vanA genes. The majority (89.5 percent) of VRE belonged to E. faecium species, which were characteristically resistant to ampicillin and quinolones. Overall, ampicillin resistance rate increased significantly from 2.5 percent to 21.4 percent from 2006-2009. Resistance rates for gentamicin, chloramphenicol, tetracycline, and erythromycin significantly decreased over time, although they remained high. Quinolones resistance rates were high and did not change significantly over time. CONCLUSIONS: The data obtained show a significant increasing trend in the incidence of E. faecium resistant to ampicillin and vancomycin.

INTRODUÇÃO: Nas últimas duas décadas, os enterococos emergiram como importantes patógenos nosocomiais no mundo inteiro. Neste estudo, foi analisada a distribuição das espécies e a evolução da resistência aos antimicrobianos entre isolados clínicos de enterococos obtidos em um hospital terciário, no período de 2006 a 2009. MÉTODOS: As espécies foram identificadas por testes bioquímicos convencionais e o perfil de sensibilidade foi determinado pelo método de disco difusão. A sensibilidade à vancomicina foi também determinada pela triagem em agar e pela concentração inibitória mínima (CIM). Testes moleculares foram utilizados para confirmar as espécies e determinar os genótipos dos enterococos resistentes à vancomicina (VRE). RESULTADOS: Foram analisadas 324 amostras de enterococos, sendo 87 por cento E. faecalis e 10,8 por cento E. faecium. A incidência de E. faecium por 1.000 pacientes internados aumentou significativamente (p < 0,001) de 0,3 em 2006 para 2,3 em 2009. A taxa de VRE também aumentou significativamente de 2,5 por cento para 15,5 por cento (p < 0,001). Todos os VRE apresentaram genótipo VanA e CIM >256µg/mL para vancomicina. A maioria (89,5 por cento) dos VRE pertencia à espécie E. faecium e foram resistentes à ampicilina e quinolonas. Foi observado um aumento significativo na taxa de resistência à ampicilina, de 2,5 por cento (2006) para 21,4 por cento (2009). As taxas de resistência para gentamicina, cloranfenicol, tetraciclina e eritromicina diminuíram significativamente no período do estudo. Para as quinolonas, as taxas de resistência foram elevadas não alteraram significativamente, no período do estudo. CONCLUSÕES: Os resultados do presente estudo mostram um aumento significativo na incidência de E. faecium resistentes à ampicilina e vancomicina.

Perfil de resistência antimicrobiana de Escherichia coli isoladas do açude Santo Anastácio, Ceará, Brasil / Resistance profile of Escherichia coli isolated from the environment

Este trabalho objetivou caracterizar a resistência antimicrobiana de 43 cepas de Escherichia coli isoladas do açude Santo Anastácio (Fortaleza, CE), durante os meses de janeiro a abril de 2007. As cepas foram submetidas a testes de suscetibilidade a oito antimicrobianos, tendo 67,4% delas apresentado sensibilidade a todos. Observou-se resistência à tetraciclina (25,6%), ao sulfazotrin (18,6%), ao ácido nalidixíco (9,3%) e a ciprofloxacina (4,7%). Nenhuma resistência foi observada aos betalactâmicos. Nove (21%) cepas apresentaram multirresistência, com um percentual de 78% para resistência cromossômica e 56% para resistência plasmidial. A presença de bactérias resistentes pode estar relacionada ao lançamento de antimicrobianos nas águas através de esgotos, sendo que o uso inadequado dessas águas pode comprometer a saúde da população.

The aim of this study was to determine the antimicrobial resistance of 43 Escherichia coli strains isolated from the Santo Antonio weir (Fortaleza, CE, Brazil) from January to April 2007. Susceptibility tests performed with 8 antimicrobials indicated that 67.5% of the strains were susceptible to all of them. Resistance to tetracycline (25.6%), sulfazotrim (18.6%), nalidixic acid (9.3%), and ciprofloxacin (4.7%) was observed. The strains did not show resistance to betalactamics. Nine strains (21%) were multiresistant, the resistance being chromosome (78%) and plasmid (56%) mediated. The presence of resistant bacteria may be related to antimicrobials in the sewage discharged into the weir, and the inappropriate use of this body of water may pose human health risks.

Prevalência e perfil de resistência de microrganismos isolados do trato respiratório inferior de pacientes internados no Hospital Divina Providência-Porto Alegre, RS / Prevalence and antimicrobial susceptibility of microrganisms isolated from the lower respiratory tract of inpatients in Divina Providencia Hospital-Porto Alegre, RS

Anualmente, dois milhões de casos de pneumonia ocorrem no Brasil e mais de 33000 brasileiros evoluem para óbito. Pneumonia hospitalar é a mais fatal das infecções hospitalares, com taxas de mortalidade de 30 a 60%. O objetivo deste trabalho foi determinara prevalência e o perfil de resistência de microrganismos isolados do trato respiratório inferior de pacientes internados no Hospital Divina Providência de Porto Alegre, RS. Foram analisados 945 amostras de janeiro de 2004 a dezembro de 2005. Foram utilizadas metodologias automatizadas e/ou preconizadas pelos NCCLS para a identificação e análise do perfil de resistência. As espécies mais freqüentemente isoladas foram Pseudomonas aeruginosa com 64 (27,6%), Staphylococcus aureus 37 (15,9%), Klebsiella pneumoniae 22 (9,5%), Streptococcus pyogenes 14 (6,1%), Serratia liquefaciens 10 (4,3%), Haemophilus sp. 10 (4,3%) e Acinetobacter baumannii 10 (4,3%). Os Gram negativos apresentaram um elevado índice de resistência, entre os antimicrobianos testados, onde 71,3%das cepas foram resistentes à Cefuroxima, 67,6% resistentes à Cefotaxima, 57,6% à Gentamicina, 55% à Ciprofloxacina. Entre os Gram positivos, 65,5% das cepas foram resistentes à Penicilina, 66,7% à Ampicilina, 47,8% à Eritromicina e 46,9% à Lincomicina. Os resultados deste estudo mostraram uma alta prevalência de P. aeruginosa associado a altas taxas de resistência.

Perfil plasmídico y resistencia antimicrobiana en cepas de Shigella aisladas en Cuba / Plasmidic profile and antimicrobial resistance in Shigella strains isolated in Cuba

Se investigó un total de 240 cepas de Shigella, procedentes de los Centros Provinciales de Higiene y Epidemiología, durante el período de enero a diciembre de 2002. Estas especies constituyen los microorganismos aislados con mayor frecuencia de infecciones diarreicas agudas en los países en vías de desarrollo y en Cuba. Mediante el estudio de diferentes marcadores fenotípicos y genotípicos como: serotipaje, estudios de resistencia a drogas antimicrobianas y perfil plasmídico, se investigó la relación epidemiológica de las cepas en estudio. Los serogrupos predominantes fueron: S. flexneri 142 (59 %) y S. sonnei 76 cepas (32 %). El comportamiento de la susceptibilidad antimicrobiana mostró 79,2 % de cepas resistentes. Al analizar el comportamiento de S. flexneri según la región de origen, el perfil de resistencia y el perfil plasmídico se realizaron 2 agrupamientos y en el serogrupo S. sonnei se encontraron 5 agrupamientos. Los resultados obtenidos demuestran la heterogeneidad genética en las cepas de Shigella que circulan en el país.

240 Shigella strains from the Provincial Centers of Hygine and Epidemiology were investigated from Janaury to December, 2002. These species are the isolated microorganisms with the highest frequency of acute diarrheal infections in the developing countries and in Cuba. By the study of different phenotypic and genotypic markers as serotyping, studies of resistance to antimicrobial drugs and plasmidic profile, the epidemiological relation of the strains under study was analyzed. The predominating serogroups were: 142 S. flexneri (59 %) and 76 S. sonnei strains (32 %). The antimicrobial susceptibility behavior showed 79.2 % of resistant strains. The resistance phenotypes most frequently found were: streptomycin, trimethropim-sulfamethoxazole: 71 (37.4 %); ampicillin, ampicillin-sulbactam, tetracycline, trimethroprim-sulfametoxazole, cloramphenicol: 24 (12.7 %); ampicillin, ampicillin-sulbactram, streptomycin, tetracycline, amoxicyllin- clavulanic acid, trimethropim-sulfametoxazole: 18 (9.5%). The plasmidic profiles detected in the S. flexneri serogrup were 6. Each profile contained between 2 and 7 plasmides and they were excluding. The diversity index was (ID 0.85), whereas in the S. sonnei serogroup there were 8 different profiles. Each one had between 2 and 8 plasmides with ID (0.86). On analyzing the behavior of S. flexneri according to the region of origen, the resistance profile and the plasmidic profile, 2 groupings were created.and 5 groupings were found in the S. sonnei serogroup. The results obtained showed the genetic heterogeneity in the Shigella strains that circulate in the country.